ボトルから度々サプリメントを取り出すのは面倒なので、チャック付きの袋などに分けて入れ、保管しようと思います。大丈夫でしょうか？

基本的には、ボトルのままでの保管をお願いしております。
チャック付きの袋であっても光や空気･湿気を完全に遮断はできませんので、袋に移し替えて保管すると、水分や熱による色やにおいの変化、栄養素の変質などが起こりやすくなります。

その日に飲む分をチャック付の袋などに入れて持ち歩く程度であれば問題ございません。