『マルチビタミン＆ミネラル（大小セット）』と『マルチビタミン＆ミネラル【アレルゲンケア】』に配合されている栄養素は同じですか？

全く同じではありません。
それぞれに配合されている栄養素は下記のとおりです。

『マルチビタミン&ミネラル(大小セット)』

マルチビタミン&ミネラル（大小セット）（医療機関専用サプリメントヘルシーパス）

色枠内の栄養素は、マルチビタミン&ミネラル【アレルゲンケア】には配合されていません。

大ボトル：水溶性栄養素

小ボトル：脂溶性栄養素

ベータカロテン	ビタミンＥ	リコピン
ビタミンD	ルテイン

マルチビタミン＆ミネラル【アレルゲンケア】（医療機関専用サプリメントヘルシーパス）

色枠内の栄養素は、マルチビタミン&ミネラル（大小セット）には配合されていません。
それ以外の栄養素は、同量配合しています。

アレルギー表示の対象となる28品目を含む原料は不使用

『マルチビタミン＆ミネラル【アレルゲンケア】』には、酵母を含め、その他のアレルギー表示の対象となる28品目を含む原料を使用してません。

※ベータカロテンの原料はアレルギー表示の対象となるゼラチンを含有しているため、代わりにビタミンA（レチノール）を配合しています。
　ルテイン・リコピンは脂溶性栄養素であるためハードカプセルには使用できません。

そのほかにも・・・

などの違いもあります。